1996. gada aprīlī tika prezentēts jauns modelis – Škoda Octavia. Pēc trim gadiem parādījās Škoda Fabia, bet 2001. gadā tika prezentēts jauns augstākās vidējās klases luksusa limuzīns – Škoda Superb. Krievijā, Ķīnā un Indijā tika būvētas jaunas ražotnes.
Mlada Boleslavā tika uzbūvēta miljonā Škoda automašīna kopš kopuzņēmuma ar VW dibināšanas. Tika laista klajā Škoda Octavia. Zīmola otrā ražošanas sērija bruģēja ceļu uzņēmuma panākumiem turpmākajos gados.
Pirmo reizi Škoda gada laikā saražoja vairāk nekā 400 000 automašīnu, ko eksportēja uz 70 valstīm.
Škoda iesaistījās World Rally Car (WRC) autosporta kategorijā. Frankfurtes auto izstādē tika prezentēta jaunā Škoda Fabia, un pēc gada tai pievienojās Fabia Combi.
Škoda Mlada Boleslavā nodibināja pirmo uzņēmuma vadīto universitāti Čehijā – Škoda Auto universitāti.
Škoda Octavia RS kļūst par zīmola līdz šim ātrāko sērijveida automašīnu. Škoda prezentēja jaunu luksusa modeli ar tradicionālo nosaukumu Superb, kas atbilda vēsturiskajai augstāko klašu ražošanas sērijai no 1934. līdz 1949. gadam. Škoda atver savu pirmo Eiropas rūpnīcu Aurangābādā, Indijā.
Pirmizrādi Ženēvas auto izstādē piedzīvoja Fabia WRC.