1987. gadā tika uzsākta ilgi gaidītā jaunā modeļa Škoda Favorit ražošana. 1991. gada martā uzņēmums uzsāka sadarbību ar Volkswagen. Uzņēmums arī tika pie jauna nosaukuma – autobūves akciju sabiedrība Škoda.
Tika uzsākta Favorit modeļu sērijas ražošana. Rekordīsā laikā notika pāreja uz moderno koncepciju ar dzinēju virs priekšējās ass, priekšējo riteņu piedziņu un kompaktu virsbūvi ar lielu bagāžas nodalījuma vāku. Elegantās virsbūves dizaina autors ir itāļu dizainers Nučo Bertone.
Tirgū tika laista Škoda Favorit, kas guva rekordlielus pārdošanas panākumus gan Čehoslovākijā, gan citās valstīs.
Pēc politiskā režīma maiņas 1989. gadā uzņēmums meklēja spēcīgu ārzemju partneri, lai tirgus ekonomikas apstākļos padarītu Škoda par starptautiski konkurētspējīgu uzņēmumu. 1990. gada decembrī Čehija izvēlējās Volkswagen.
Škoda, automobilová a. s. uzsāka darbību un pievienojās VW, Audi un Seat kā ceturtais Volkswagen koncerna zīmols.
Nepārtraukti tika uzlabota ražošanas kvalitāte, un visās Škoda automašīnās tika uzstādītas vienpunkta degvielas iesmidzināšanas sistēmas un kontrolēti katalītiskie neitralizatori.
Škoda Favorit modeli pēc vairāk nekā miljona saražoto vienību aizstāja Felicia – pirmais kopīgi ar VW izstrādātais auto pēc apvienošanās. Līdz 2001. gadam uzņēmums bija saražojis vairāk nekā 1,4 miljonus Felicia vienību.
Mlada Boleslavā tika ielikts pamatakmens topošā jaunā vidējās klases modeļa Octavia ražotnei.