1936. gadā autobūves uzņēmums ieņēma līderpozīciju starp vietējiem auto ražotājiem, un arī citas valstis uz tā veikumu reaģēja pozitīvi. Sākoties Otrajam pasaules karam un okupācijai, ražošana tika koncentrēta uz Vācijas vajadzībām. Tuvojoties kara beigām, rūpnīca tika bombardēta.
Škoda ieņēma otro vietu Montekarlo rallijā ar Popular Sport – modeli, ko vēlāk pārdēvēja par Monte Carlo. Popular turpināja gūt uzvaras rallijos Āfrikā, Balkānos un Urugvajā. Modeļu klāsts tika paplašināts ar vidēja izmēra modeli Škoda Favorit.
Klajā tika laista Škoda Popular 995. Šo “Škoda cilvēkiem” (čehu valodā “Škoda pro lid”) iesauca par “Liduška” – meitenes vārdā, kas līdzinās vārdam “lidový” (“tautas”). Otrā pasaules kara dēļ civilā ražošana tika novirzīta otrajā plānā. Visu grupu kontrolēja Reichswerke Hermann Göring AG.
Automobiļu rūpniecība pārgāja uz ražošanu kara vajadzībām. Papildus ieroču detaļām galvenokārt tika ražotas dažādi piegādes vagoni, pilnpiedziņas transportlīdzekļi un RSO militārais kravas auto.
No stipri bojātās Mlada Boleslavas rūpnīcas izbrauca pirmās modernizētās Škoda Popular automašīnas. Valsts tautsaimniecību kontrolēja sociālistiskais režīms – 1945. gada pavasarī tika nacionalizēti lieli uzņēmumi, tostarp Škoda Works Plzeņā un ASAP Mlada Boleslavā.